Le Conseil de direction détermine la politique et l'orientation générales de la FAE. Il se compose de 13 membres nommés par l'AMCOW, les bailleurs du fonds, la Banque africaine de développement, l'Union africaine et l'ONU-Eau/Afrique.
La Conseil de direction se réunit deux fois par an et se compose de :
Le président est nommé par le Conseil de direction et siège pour un an.